Shiny Web Applikationen

Jede Person, die irgendwie mit Daten arbeitet, kommt nicht herum, aus Analysen oder Modellen gezogene Erkenntnisse mit anderen zu teilen. Meist haben diese Personen keinen statistischen oder mathematischen Hintergrund. Für diese sollten die Ergebnisse nicht nur verständlich, sondern im besten Fall auch visuell ansprechend aufbereitet sein. Neben recht teuren Softwarelösungen wie Tableau oder QlikView gibt es von R-Studio auch eine (zumindest im kleinen Rahmen) kostenfreie Lösung – R-Shiny.

Shiny ist ein R Paket, mit dessen Hilfe man interaktive Webapplikationen oder Dashboards erstellen kann, bei dem man auf den vollen Funktionsumfang aller R-Pakete zugreifen kann.

Bei der Erstellung für einfache Shiny-Apps sind keine HTML, CSS oder Javascript Kenntnisse nötig. Shiny teilt sich im Prinzip in zwei Programme: Das Front-End wird in der Datei ui.r festgelegt. Alles was im Back-End passiert, wird in der Datei server.r beschrieben. R-Studio übernimmt danach das Rendern des Front- Ends und man erhält eine übliche HTML-Datei, in dessen Backend R läuft.

Die Vorteile der Einfachheit, nur mit R eine funktionale Web-App erstellen können, hat natürlich auch seine Nachteile. Shiny ist, was das Design betrifft, eher limitiert und auch die Platzierung von Inputs wie Slidern, Drop-Downs oder auch Outputs wie Grafiken oder Tabellen ist stark beschränkt.

Eine kaum bekannte und dokumentierte Funktion von R-Shiny ist die Funktion „htmlTemplate“. Mit dieser lassen sich komplett in HTML, CSS und gegebenenfalls Javascript geschriebene Websites mit der vollen Funktionalität von R im Back-End integrieren – und sehen um Längen besser aus als rein in R geschriebene Web-Apps.

Wie man auf diese Art Shiny Apps programmiert zeige ich nun anhand des Folgenden Beispiels. Die folgenden Erklärungen sind mit Absicht kurz gehalten und stellen kein Tutorial dar, sondern sollen vielmehr die Möglichkeiten der Funktion „htmlTemplate“ zeigen.

Zunächst zur ui.R:

Der Code in der ui.R Datei ist recht einfach gehalten. Es werden nur die Bibliotheken geladen, auf die R zugreifen muss. Danach wird das html Template mit dem entsprechenden Namen geladen. Ansonsten werden in dieser Datei nur Input und Output als Variablen festgelegt.

 

In der Server.R Datei wird in diesem Beispiel der bekannte und oft verwendete Datensatz Mtcars verwendet. Zunächst wird mit dem Paket dplyr und der Funktion filter ein neuer Datensatz berechnet, der auf Nutzereingaben reagiert (sliderInput, siehe ui.R). Wenn in R-Shiny in DataFrames Berechnungen durchgeführt werden, müssen diese immer in einem sog. reactive Statement stehen. Danach werden mittels ggplot2 insgesamt drei Plots zu dem Datensatz erstellt.

Plot 1 stellt einen Zusammenhang zwischen Gewicht und Benzinverbrauch mittels linearer Regression dar. Plot 2 zeigt an, wie viele Zylinder die Fahrzeuge aus dem gefilterten Datensatz haben und Plot 3 zeigt die Korrelationen zwischen den Variablen an. Diese drei Plots sollen dem Endnutzer interaktiv zur Verfügung stehen.

 

In dieser HTML Datei wird die Struktur der Web App festgelegt. Diese enthält neben reichlich HTML auch ein paar Zeilen Internal Javascript, mit dem sich die die Diagramme ein- und ausblenden lassen. Das wichtigste in dieser Datei ist jedoch die Funktionsweise, mit der die in der ui.R Datei die Variablen an das Template übergeben werden. Jede template.html muss im Kopf (<head> … /<head>) die Funktion {{ headContent() }} enthalten. Damit werden die für Shiny benötigte Depedencies beim Rendern geladen. Diese übrigen, in der ui.R Datei deklarierten Variablen, werden ebenfalls mittels zwei geschweiften Klammern an das Template übergeben.

 

Nun muss für das Styling der App nur doch eine CSS-Datei geladen werden. Wichtig ist zu beachten, dass externe CSS Dateien bei Shiny immer in einem gesonderten Ordner mit dem Namen „www“ abgespeichert werden müssen. Auf diesen Ordner wird in der HTML Datei nicht gesondert verwiesen. Es reicht der Verweis <link rel=’stylesheet’ href=’style.css’/>.

Für den Upload der Datei müssen server.R, ui.R und template.html auf einer Ebene liegen, während wie bereits erwähnt die CSS Datei in einem gesonderten Ordner namens „www“ abliegen muss.

Die Web App liegt unter folgendem Link ab: https://markuslang1987.shinyapps.io/CustomShiny/

Einiges an der App ist sicherlich Spielerei, der Artikel soll in erster Linie aber die Möglichkeiten zeigen, die man mit einem selbst erstellten HTML Template im Gegensatz zu den recht eingeschränkten Möglichkeiten der normalen Shiny Programmierung zur Verfügung hat. Außerdem möchte ich mit diesem Artikel zeigen, dass Webentwicklung und Data Science/Analytics nicht zwangsläufig komplett voneinander unabhängige Welten sind.

Unsupervised Learning in R: K-Means Clustering

Die Clusteranalyse ist ein gruppenbildendes Verfahren, mit dem Objekte Gruppen – sogenannten Clustern zuordnet werden. Die dem Cluster zugeordneten Objekte sollen möglichst homogen sein, wohingegen die Objekte, die unterschiedlichen Clustern zugeordnet werden möglichst heterogen sein sollen. Dieses Verfahren wird z.B. im Marketing bei der Zielgruppensegmentierung, um Angebote entsprechend anzupassen oder im User Experience Bereich zur Identifikation sog. Personas.

Es gibt in der Praxis eine Vielzahl von Cluster-Verfahren, eine der bekanntesten und gebräuchlichsten Verfahren ist das K-Means Clustering, ein sog. Partitionierendes Clusterverfahren. Das Ziel dabei ist es, den Datensatz in K Cluster zu unterteilen. Dabei werden zunächst K beliebige Punkte als Anfangszentren (sog. Zentroiden) ausgewählt und jedem dieser Punkte der Punkt zugeordnet, zu dessen Zentrum er die geringste Distanz hat. K-Means ist ein „harter“ Clusteralgorithmus, d.h. jede Beobachtung wird genau einem Cluster zugeordnet. Zur Berechnung existieren verschiedene Distanzmaße. Das gebräuchlichste Distanzmaß ist die quadrierte euklidische Distanz:

D^2 = \sum_{i=1}^{v}(x_i - y_i)^2

Nachdem jede Beobachtung einem Cluster zugeordnet wurde, wird das Clusterzentrum neu berechnet und die Punkte werden den neuen Clusterzentren erneut zugeordnet. Dieser Vorgang wird so lange durchgeführt bis die Clusterzentren stabil sind oder eine vorher bestimmte Anzahl an Iterationen durchlaufen sind.
Das komplette Vorgehen wird im Folgenden anhand eines künstlich erzeugten Testdatensatzes erläutert.

Zunächst wird ein Testdatensatz mit den Variablen „Alter“ und „Einkommen“ erzeugt, der 12 Fälle enthält. Als Schritt des „Data preprocessing“ müssen zunächst beide Variablen standardisiert werden, da ansonsten die Variable „Alter“ die Clusterbildung zu stark beeinflusst.

Das Ganze geplottet:

Wie bereits eingangs erwähnt müssen Cluster innerhalb möglichst homogen und zu Objekten anderer Cluster möglichst heterogen sein. Ein Maß für die Homogenität die „Within Cluster Sums of Squares“ (WSS), ein Maß für die Heterogenität „Between Cluster Sums of Squares“ (BSS).

Diese sind beispielsweise für eine 3-Cluster-Lösung wie folgt:

Sollte man die Anzahl der Cluster nicht bereits kennen oder sind diese extern nicht vorgegeben, dann bietet es sich an, anhand des Verhältnisses von WSS und BSS die „optimale“ Clusteranzahl zu berechnen. Dafür wird zunächst ein leerer Vektor initialisiert, dessen Werte nachfolgend über die Schleife mit dem Verhältnis von WSS und WSS gefüllt werden. Dies lässt sich anschließend per „Screeplot“ visualisieren.

Die „optimale“ Anzahl der Cluster zählt sich am Knick der Linie ablesen (auch Ellbow-Kriterium genannt). Alternativ kann man sich an dem Richtwert von 0.2 orientieren. Unterschreitet das Verhältnis von WSS und BSS diesen Wert, so hat man die beste Lösung gefunden. In diesem Beispiel ist sehr deutlich, dass eine 3-Cluster-Lösung am besten ist.

Fazit: Mit K-Means Clustering lassen sich schnell und einfach Muster in Datensätzen erkennen, die, gerade wenn mehr als zwei Variablen geclustert werden, sonst verborgen blieben. K-Means ist allerdings anfällig gegenüber Ausreißern, da Ausreißer gerne als separate Cluster betrachtet werden. Ebenfalls problematisch sind Cluster, deren Struktur nicht kugelförmig ist. Dies ist vor der Durchführung der Clusteranalyse mittels explorativer Datenanalyse zu überprüfen.

R als Tool im Process Mining

Die Open Source Sprache R ermöglicht eine Vielzahl von Analysemöglichkeiten, die von einer einfachen beschreibenden Darstellung eines Prozesses bis zur umfassenden statistischen Analyse reicht. Dabei können Daten aus einem Manufacturing Execution System, kurz MES, als Basis der Prozessanalyse herangezogen werden. R ist ein Open Source Programm, welches sich für die Lösung von statischen Aufgaben im Bereich der Prozessoptimierung sehr gut eignet, erfordert jedoch auf Grund des Bedienungskonzepts als Scriptsprache, grundlegende Kenntnisse der Programmierung. Aber auch eine interaktive Bedienung lässt sich mit einer Einbindung der Statistikfunktionen in ein Dashboard erreichen. Damit können entsprechend den Anforderungen, automatisierte Analysen ohne Programmierkenntnisse realisiert werden.

Der Prozess als Spagetti Diagramm

Um einen Überblick zu erhalten, wird der Prozess in einem „process value flowchart“, ähnlich einem Spagetti‐ Diagramm dargestellt und je nach Anforderung mit Angaben zu den Key Performance Indicators ergänzt. Im konkreten Fall werden die absolute Anzahl und der relative Anteil der bearbeiteten Teile angegeben. Werden Teile wie nachfolgend dargestellt, aufgrund von festgestellten Mängel bei der Qualitätskontrolle automatisiert ausgeschleust, können darüber Kennzahlen für den Ausschuss ermittelt werden.

Der Prozess in Tabellen und Diagrammen

Im folgenden Chart sind grundlegende Angaben zu den ausgeführten Prozessschritten, sowie deren Varianten dargestellt. Die Statistikansicht bietet eine Übersicht zu den Fällen, den sogenannte „Cases“, sowie zur Dauer und Taktzeit der einzelnen Aktivitäten. Dabei handelt es sich um eine Fertigungsline mit hohem Automatisierungsgrad, bei der jeder Fertigungsschritt im MES dokumentiert wird. Die Tabelle enthält statistische Angaben zur Zykluszeit, sowie der Prozessdauer zu den einzelnen Aktivitäten. In diesem Fall waren keine Timestamps für das Ende der Aktivität vorhanden, somit konnte die Prozessdauer nicht berechnet werden.

Die Anwendung von Six Sigma Tools

R verfügt über eine umfangreiche Sammlung von Bibliotheken zur Datendarstellung, sowie der Prozessanalyse. Darin sind auch Tools aus Six Sigma enthalten, die für die weitere Analyse der Prozesse eingesetzt werden können. In den folgenden Darstellungen wird die Möglichkeit aufgezeigt, zwei Produktionszeiträume, welche über eine einfache Datumseingabe im Dashboard abgegrenzt werden, gegenüber zu stellen. Dabei handelt es sich um die Ausbringung der Fertigung in Stundenwerten, die für jeden Prozessschritt errechnet wird. Das xbar und r Chart findet im Bereich der Qualitätssicherung häufig Anwendung zur ersten Beurteilung des Prozessoutputs.

Zwei weitere Six Sigma typische Kennzahlen zur Beurteilung der Prozessfähigkeit sind der Cp und Cpk Wert und deren Ermittlung ein Bestandteil der R Bibliotheken ist. Bei der Berechnung wird von einer Normalverteilung der Daten ausgegangen, wobei das Ergebnis aus der Überprüfung dieser Annahme im Chart durch Zahlen, als auch grafisch dargestellt wird.

Von Interesse ist auch die Antwort auf die Frage, welchem Trend folgt der Prozess? Bereits aus der Darstellung der beiden Produktionszeiträume im Box‐Whiskers‐Plot könnte man anhand der Mediane auf einen Trend zu einer Verschlechterung der Ausbringung schließen, den der Interquartilsabstand nicht widerspiegelt. Eine weitere Absicherung einer Aussage über den Trend, kann über einen statistischen Vergleichs der Mittelwerte erfolgen.

Der Modellvergleich

Besteht die Anforderung einer direkten Gegenüberstellung des geplanten, mit dem vorgefundenen, sogenannten „Discovered Model“, ist aufgrund der Komplexität beim Modellvergleich, dieser in R mit hohem Programmieraufwand verbunden. Besser geeignet sind dafür spezielle Process Miningtools. Diese ermöglichen den direkten Vergleich und unterstützen bei der Analyse der Ursachen zu den dargestellten Abweichungen. Bei Produktionsprozessen handelt es sich meist um sogenannte „Milestone Events“, die bei jedem Fertigungsschritt durch das MES dokumentiert werden und eine einfache Modellierung des Target Process ermöglichen. Weiterführende Analysen der Prozessdaten in R sind durch einen direkten Zugriff über ein API realisierbar oder es wurde vollständig integriert. Damit eröffnen sich wiederum die umfangreichen Möglichkeiten bei der statistischen Prozessanalyse, sowie der Einsatz von Six Sigma Tools aus dem Qualitätsmanagement. Die Analyse kann durch eine, den Kundenanforderungen entsprechende Darstellung in einem Dashboard vereinfacht werden, ermöglicht somit eine zeitnahe, weitgehend automatisierte Prozessanalyse auf Basis der Produktionsdaten.

Resümee

Process Mining in R ermöglicht zeitnahe Ergebnisse, die bis zur automatisierten Analyse in Echtzeit reicht. Der Einsatz beschleunigt erheblich das Process Controlling und hilft den Ressourceneinsatz bei der Datenerhebung, sowie deren Analyse zu reduzieren. Es kann als stand‐alone Lösung zur Untersuchung des „Discovered Process“ oder als Erweiterung für nachfolgende statistische Analysen eingesetzt werden. Als stand‐alone Lösung eignet es sich für Prozesse mit geringer Komplexität, wie in der automatisierten Fertigung. Besteht eine hohe Diversifikation oder sollen standortübergreifende Prozessanalysen durchgeführt werden, übersteigt der Ressourcenaufwand rasch die Kosten für den Einsatz einer Enterprise Software, von denen mittlerweile einige angeboten werden.

 

R Data Frames meistern mit dplyr – Teil 2

Dieser Artikel ist Teil 2 von 2 aus der Artikelserie R Data Frames meistern mit dplyr.

Noch mehr Datenbank-Features

Im ersten Teil dieser Artikel-Serie habe ich die Parallelen zwischen Data Frames in R und Relationen in SQL herausgearbeitet und gezeigt, wie das Paket dplyr eine Reihe von SQL-analogen Operationen auf Data Frames standardisiert und optimiert. In diesem Teil möchte ich nun drei weitere Analogien aufzeigen. Es handelt sich um die

  • Window Functions in dplyr als Entsprechung zu analytischen Funktionen in SQL,
  • Joins zwischen Data Frames als Pendant zu Tabellen-Joins
  • Delegation von Data Frame-Operationen zu einer bestehenden SQL-Datenbank

Window Functions

Im letzten Teil habe ich gezeigt, wie durch die Kombination von group_by() und summarise() im Handumdrehen Aggregate entstehen. Das Verb group_by() schafft dabei, wie der Name schon sagt, eine Gruppierung der Zeilen des Data Frame anhand benannter Schlüssel, die oft ordinaler oder kategorialer Natur sind (z.B. Datum, Produkt oder Mitarbeiter).

Ersetzt man die Aggregation mit summarise() durch die Funktion mutate(), um neue Spalten zu bilden, so ist der Effekt des group_by() weiterhin nutzbar, erzeugt aber „Windows“, also Gruppen von Datensätzen des Data Frames mit gleichen Werten der Gruppierungskriterien. Auf diesen Gruppen können nun mittels mutate() beliebige R-Funktionen angewendet werden. Das Ergebnis ist im Gegensatz zu summarise() keine Verdichtung auf einen Datensatz pro Gruppe, sondern eine Erweiterung jeder einzelnen Zeile um neue Werte. Das soll folgendes Beispiel verdeutlichen:

Das group_by() unterteilt den Data Frame nach den 4 gleichen Werten von a. Innerhalb dieser Gruppen berechnen die beispielsweise eingesetzten Funktionen

  • row_number(): Die laufende Nummer in dieser Gruppe
  • n(): Die Gesamtgröße dieser Gruppe
  • n_distinct(b): Die Anzahl verschiedener Werte von b innerhalb der Gruppe
  • rank(desc(b)): Den Rang innerhalb der selben Gruppe, absteigend nach b geordnet
  • lag(b): Den Wert von b der vorherigen Zeile innerhalb derselben Gruppe
  • lead(b): Analog den Wert von b der folgenden Zeile innerhalb derselben Gruppe
  • mean(b): Den Mittelwert von b innerhalb der Gruppe
  • cumsum(b): Die kumulierte Summe der b-Werte innerhalb der Gruppe.

Wichtig ist hierbei, dass die Anwendung dieser Funktionen nicht dazu führt, dass die ursprüngliche Reihenfolge der Datensätze im Data Frame geändert wird. Hier erweist sich ein wesentlicher Unterschied zwischen Data Frames und Datenbank-Relationen von Vorteil: Die Reihenfolge von Datensätzen in Data Frames ist stabil und definiert. Sie resultiert aus der Abfolge der Elemente auf den Vektoren, die die Data Frames bilden. Im Gegensatz dazu haben Tabellen und Views keine Reihenfolge, auf die man sich beim SELECT verlassen kann. Nur mit der ORDER BY-Klausel über eindeutige Schlüsselwerte erreicht man eine definierte, stabile Reihenfolge der resultierenden Datensätze.

Die Wirkungsweise von Window Functions wird noch besser verständlich, wenn in obiger Abfrage das group_by(a) entfernt wird. Dann wirken alle genannten Funktionen auf der einzigen Gruppe, die existiert, nämlich dem gesamten Data Frame:

Anwendbar sind hierbei sämtliche Funktionen, die auf Vektoren wirken. Diese müssen also wie in unserem Beispiel nicht unbedingt aus dplyr stammen. Allerdings komplettiert das Package die Menge der sinnvoll anwendbaren Funktionen um einige wichtige Elemente wie cumany() oder n_distinct().

Data Frames Hand in Hand…

In relationalen Datenbanken wird häufig angestrebt, das Datenmodell zu normalisieren. Dadurch bekommt man die negativen Folgen von Datenredundanz, wie Inkonsistenzen bei Datenmanipulationen und unnötig große Datenvolumina, in den Griff. Dies geschieht unter anderem dadurch, dass tabellarische Datenbestände aufgetrennt werden Stammdaten- und Faktentabellen. Letztere beziehen sich über Fremdschlüsselspalten auf die Primärschlüssel der Stammdatentabellen. Durch Joins, also Abfragen über mehrere Tabellen und Ausnutzen der Fremdschlüsselbeziehungen, werden die normalisierten Tabellen wieder zu einem fachlich kompletten Resultat denormalisiert.

In den Data Frames von R trifft man dieses Modellierungsmuster aus verschiedenen Gründen weit seltener an als in RDBMS. Dennoch gibt es neben der Normalisierung/Denormalisierung andere Fragestellungen, die sich gut durch Joins beantworten lassen. Neben der Zusammenführung von Beobachtungen unterschiedlicher Quellen anhand charakteristischer Schlüssel sind dies bestimmte Mengenoperationen wie Schnitt- und Differenzmengenbildung.

Die traditionelle R-Funktion für den Join zweier Data Frames lautet merge(). dplyr erweitert den Funktionsumfang dieser Funktion und sorgt für sprechendere Funktionsnamen und Konsistenz mit den anderen Operationen.

Hier ein synthetisches Beispiel:

Nun gilt es, die Verkäufe aus dem Data Frame sales mit den Produkten in products zusammenzuführen und auf Basis von Produkten Bilanzen zu erstellen. Diese Denormalisierung geschieht durch das Verb inner_join() auf zweierlei Art und Weise:

Die Ergebnisse sind bis auf die Reihenfolge der Spalten und der Zeilen identisch. Außerdem ist im einen Fall der gemeinsame Schlüssel der Produkt-Id als prod_id, im anderen Fall als id enthalten. dplyr entfernt also die Spalten-Duplikate der Join-Bedingungen. Letzere wird bei Bedarf im by-Argument der Join-Funktion angegeben. R-Experten erkennen hier einen „Named Vector“, also einen Vektor, bei dem jedes Element einen Namen hat. Diese Syntax verwendet dplyr, um elegant die äquivalenten Spalten zu kennzeichnen. Wird das Argument by weggelassen, so verwendet dplyr im Sinne eines „Natural Join“ automatisch alle Spalten, deren Namen in beiden Data Frames vorkommen.

Natürlich können wir dieses Beispiel mit den anderen Verben erweitern, um z.B. eine Umsatzbilanz pro Produkt zu erreichen:

dplyr bringt insgesamt 6 verschiedene Join-Funktionen mit: Neben dem bereits verwendeten Inner Join gibt es die linksseitigen und rechtsseitigen Outer Joins und den Full Join. Diese entsprechen genau der Funktionalität von SQL-Datenbanken. Daneben gibt es die Funktion semi_join(), die in SQL etwa folgendermaßen ausgedrückt würde:

Das Gegenteil, also ein NOT EXISTS, realisiert die sechste Join-Funktion: anti_join(). Im folgenden Beispiel sollen alle Produkte ausgegeben werden, die noch nie verkauft wurden:

… und in der Datenbank

Wir schon mehrfach betont, hat dplyr eine Reihe von Analogien zu SQL-Operationen auf relationalen Datenbanken. R Data Frames entsprechen Tabellen und Views und die dplyr-Operationen den Bausteinen von SELECT-Statements. Daraus ergibt sich die Möglichkeit, dplyr-Funktionen ohne viel Zutun auf eine bestehende Datenbank und deren Relationen zu deligieren.

Mir fallen folgende Szenarien ein, wo dies sinnvoll erscheint:

  • Die zu verarbeitende Datenmenge ist zu groß für das Memory des Rechners, auf dem R läuft.
  • Die interessierenden Daten liegen bereits als Tabellen und Views auf einer Datenbank vor.
  • Die Datenbank hat Features, wie z.B. Parallelverarbeitung oder Bitmap Indexe, die R nicht hat.

In der aktuellen Version 0.5.0 kann dplyr nativ vier Datenbank-Backends ansprechen: SQLite, MySQL, PostgreSQL und Google BigQuery. Ich vermute, unter der Leserschaft des Data Science Blogs dürfte MySQL (oder der Fork MariaDB) die weiteste Verbreitung haben, weshalb ich die folgenden Beispiele darauf zeige. Allerdings muss man beachten, dass MySQL keine Window Funktionen kennt, was sich 1:1 auf die Funktionalität von dplyr auswirkt.

Im folgenden möchte ich zeigen, wie dplyr sich gegen eine bestehende MySQL-Datenbank verbindet und danach einen bestehenden R Data Frame in eine neue Datenbanktabelle wegspeichert:

Die erste Anweisung verbindet R mit einer bestehenden MySQL-Datenbank. Danach lade ich den Data Frame diamonds aus dem Paket ggplot2. Mit str() wird deutlich, dass drei darin enthaltene Variablen vom Typ Factor sind. Damit dplyr damit arbeiten kann, werden sie mit mutate() in Character-Vektoren gewandelt. Dann erzeugt die Funktion copy_to() auf der MySQL-Datenbank eine leere Tabelle namens diamonds, in die die Datensätze kopiert werden. Danach erhält die Tabelle noch drei Indexe (von dem der erste aus drei Segmenten besteht), und zum Schluß führt dplyr noch ein ANALYSE der Tabelle durch, um die Werteverteilungen auf den Spalten für kostenbasierte Optimierung zu bestimmen.

Meistens aber wird bereits eine bestehende Datenbanktabelle die interessierenden Daten enthalten. In diesem Fall lautet die Funktion zum Erstellen des Delegats tbl():

Die Rückgabewerte von copy_to() und von tbl() sind natürlich keine reinrassigen Data Frames, sondern Objekte, auf die die Operationen von dplyr wirken können, indem sie auf die Datenbank deligiert werden. Im folgenden Beispiel sollen alle Diamanten, die ein Gewicht von mindestens 1 Karat haben, pro Cut, Color und Clarity nach Anzahl und mittlerem Preis bilanziert werden:

Die Definition der Variablen bilanz geschieht dabei komplett ohne Interaktion mit der Datenbank. Erst beim Anzeigen von Daten wird das notwendige SQL ermittelt und auf der DB ausgeführt. Die ersten 10 resultierenden Datensätze werden angezeigt. Mittels der mächtigen Funktion explain() erhalten wir das erzeugte SQL-Kommando und sogar den Ausführungsplan auf der Datenbank. SQL-Kundige werden erkennen, dass die verketteten dplyr-Operationen in verschachtelte SELECT-Statements umgesetzt werden.

Zu guter Letzt sollen aber meistens die Ergebnisse der dplyr-Operationen irgendwie gesichert werden. Hier hat der Benutzer die Wahl, ob die Daten auf der Datenbank in einer neuen Tabelle gespeichert werden sollen oder ob sie komplett nach R transferiert werden sollen. Dies erfolgt mit den Funktionen compute() bzw. collect():

Durch diese beiden Operationen wurde eine neue Datenbanktabelle „t_bilanz“ erzeugt und danach der Inhalt der Bilanz als Data Frame zurück in den R-Interpreter geholt. Damit schließt sich der Kreis.

Fazit

Mit dem Paket dplyr von Hadley Wickham wird die Arbeit mit R Data Frames auf eine neue Ebene gehoben. Die Operationen sind konsistent, vollständig und performant. Durch den Verkettungs-Operator %>% erhalten sie auch bei hoher Komplexität eine intuitive Syntax. Viele Aspekte der Funktionalität lehnen sich an Relationale Datenbanken an, sodass Analysten mit SQL-Kenntnissen rasch viele Operationen auf R Data Frames übertragen können.

Zurück zu R Data Frames meistern mit dplyr – Teil 1.

 

R Data Frames meistern mit dplyr – Teil 1

Dieser Artikel ist Teil 1 von 2 aus der Artikelserie R Data Frames meistern mit dplyr.

Data Frames sind das Arbeitspferd von R, wenn Daten in eine Struktur gepackt werden sollen, um sie einzulesen, zu säubern, zu transformieren, zu analysieren und zu visualisieren. Abstrakt gesprochen sind Data Frames nichts anderes als Relationen, also Mengen von Tupels, gebildet aus Elementen von geeigneten Mengen.

Dieses Konzept hat sich auch außerhalb des R-Universums bestens bewährt, umzusammengesetzte Daten, Beobachtungen oder Geschäftsobjekte zu repräsentieren. Der beste Beleg für diese Aussage sind die allgegenwärtigen Relationalen Datenbanksysteme (RDBMS). Dort werden Relationen als Tabellen (Tables) oder Sichten (Views) bezeichnet, und darauf wirkt eine mächtige, imperative Abfrage- und Manipulationssprache namens Structured Query Language, kurz:
SQL.

SQL ist in meiner Wahrnehmung die Lingua Franca der Datenverarbeitung, da sie im Kern über sehr viele Softwareprodukte gleich ist und nach erstaunlich geringem Lernaufwand mächtige Auswerte- und Manipulationsoperationen an den Daten ermöglicht. Hier eine SQL-Anweisung, um eine fiktive Tabelle aller Verkäufe (SALES) nach den Top-10-Kunden in diesem Jahr zu untersuchen:

Dieser selbsterklärliche Code aus sieben Zeilen hat einen enormen Effekt: Er fast alle Verkäufe des Jahres 2016 auf Basis der Kundennummer zusammen, berechnet dabei die Summe aller Verkaufsbeträge, zählt die Anzahl der Transaktionen und der verschiedenen vom Kunden gekauften Produkte. Nach Sortierung gemäß absteigenden Umsatzes schneidet der Code nach dem 10. Kunden ab.

SQL kann aber mit der gleichen Eleganz noch viel mehr: Beispielsweise verbinden Joins die Daten mehrerer Tabellen über Fremschlüsselbeziehungen oder analytische Funktionen bestimmen Rankings und laufende Summen. Wäre es nicht toll, wenn R ähnlich effektiv mit Data Frames analoger Struktur umgehen könnte? Natürlich! Aber schon der Versuch, obige SQL-Query auf einem R Data Frame mit den althergebrachten Bordmitteln umzusetzen (subset, aggregate, merge, …), führt zu einem unleserlichen, uneleganten Stück Code.

Genau in diese Bresche springt der von vielen anderen Bibliotheken bekannte Entwickler Hadley Wickham mit seiner Bibliothek dplyr: Sie standardisiert Operationen auf Data Frames analog zu SQL-Operationen und führt zu einer wirklich selbsterklärlichen Syntax, die noch dazu sehr performant abgearbeitet wird. Ganz analog zu ggplot2, das sich an der Grammar of Graphics orientiert, spricht Wickham bei dplyr von einer Grammar of Data Manipulation. Die Funktionen zur Manipulation nennt er folgerichtig Verben.

Dabei treten naturgemäß eine Reihe von Analogien zwischen den Teilen eines SELECT-Statements und dplyr-Funktionen auf:

SELECT-Operation dplyr-Funktion
Bildung der Spaltenliste select()
Bildung eines Ausdrucks mutate()
WHERE-Klausel filter()
GROUP BY Spaltenliste group_by()
Bildung von Aggregaten wie sum() etc. summarise()
HAVING-Klausel filter()
ORDER BY Spaltenliste arrange()
LIMIT-Klausel slice()

Die ersten Schritte

Ich möchte die Anwendung von dplyr mithilfe des Standard-Datensatzes Cars93
aus dem Paket MASS demonstrieren:

Die erste Aufgabe soll darin bestehen, aus dem Data Frame alle Autos zu selektieren, die vom Hersteller “Audi” stammen und nur Model und Anzahl Passagiere auszugeben. Hier die Lösung in Standard-R und mit dplyr:

Man sieht, dass die neue Funktion filter() der Zeilenselektion, also der Funktion subset() entspricht. Und die Auswahl der Ergebnisspalten, die in Standard-R durch Angabe einer Spaltenliste zwischen [ und ] erfolgt, hat in dplyr das Pendant in der Funktion select().

select() ist sehr mächtig in seinen Möglichkeiten, die Spaltenliste anzugeben. Beispielsweise funktioniert dies über Positionslisten, Namensmuster und ggf. das auch noch negiert:

Die obige Abfrage projiziert aus dem Data Frame sämtliche Spalten, die nicht mit “L” beginnen. Das scheint zunächst ein unscheinbares Feature zu sein, zahlt sich aber aus, wenn analytische Data Frames Dutzende oder Hunderte von Spalten haben, deren Bezeichnung sich nach einem logischen Namensschema richtet.
Soweit ist das noch nicht spektakulär. dplyr hilft uns in obigem Beispiel, als erstes bestimmte Datensätze zu selektieren und als zweites die interessierenden Spalten zu projizieren. dplyr ist aber bezüglich der Verarbeitung von Data Frames sehr intuitiv und funktional, sodass wir früher oder später viele Operationen auf unserem Data Frame verketten werden. So erreichen wir die Mächtigkeit von SQL und mehr. Die funktionale Syntax aus dem letzten Beispiel wird dann ganz schnell unleserlich, da die Verabeitungsreihenfolge (zuerst filter(), dann select()) nur durch Lesen des Codes von innen nach außen und von rechts nach links ersichtlich wird.

Daher geht dplyr einen Schritt weiter, indem es den eleganten Verkettungsoperator %>% aus dem magrittr-Paket importiert und zur Verfügung stellt. Dadurch werden die verschachtelten Ausdrücke in Sequenzen von Operationen gewandelt und somit sehr viel lesbarer und wartbarer:

Diese in meinen Augen geniale Syntax durch den neuen Operator %>% erlaubt einen sequenziellen Aufbau der Operationen auf einem Data Frame. Benutzer der Unix-Kommandozeile werden hier leicht die Analogie zu Pipes erkennen. Ganz abstrakt kann man sagen, dass damit folgende Operationen äquivalent sind:

Traditioneller Funktionsaufruf Verkettung mit %>%
f(a,b) a %>% f(b)
f(a,b,c) a %>% f(b,c)
g(f(a,b),c) a %>% f(b) %>% g(c)

Weiteres erklärt die Dokumentation zum %>%-Operator im Paket magrittr mithilfe
des Befehls ?magrittr::‘%>%‘.

Neue Variablen

Durch die Funtionen select() und filter() können wir aus Data Frames Spalten projizieren und Zeilen selektieren. Ergebnisse neuer Ausdrücke entstehen hingegen mit dem Verb mutate():

Im obigen Beispiel wird zunächst auf den Hersteller Audi selektiert und danach auf einen Streich zwei neue Spalten eingeführt, l_100km und eur. Durch Zuweisen auf eine neue Variable wird das fertige Ergebnis dauerhaft gespeichert. Hierbei handelt es sich wieder um ein natives Data Frame-Objekt. Die Operation transmute() arbeitet analog zu mutate(), verwirft aber nach Bildung der Ausdrücke alle nicht genannten Spalten. Somit können wir obiges Beispiel auch wie folgt schreiben:

Aggregate

Neben der Selektion von Zeilen und Spalten sowie der Bildung abgeleiteter Ausdrücke ist bei Datenbanktabellen die Gruppierung und Aggregation mit GROUP BY eine sehr wichtige Operation. Dies gilt auch für Data Frames in R, wenngleich hier der Funktionsumfang über diverse Funktionen wie table() oder aggregate() verteilt ist und wenig intuitiv ist.

Hier bringt dplyr ebenfalls eine großartige Verbesserung mit. Das entsprechende Verb heißt group_by(). Diese Operation wird zusammen mit einer Spaltenliste auf ein Data Frame angewendet:

Das Ergebnis von group_by() ist ein Objekt, das “mehr” ist als ein Data Frame, sondern auch noch einige spezifische Strukturinformationen von dplyr enthält. In unserem Beispiel sind dies Indizes von Zeilen, die zum gleichen Hersteller gehören. Das ursprüngliche Data Frame wird hierbei nicht kopiert, sondern nur eingebettet.

Nach Anwenden einer group_by()-Operation ist das Data Frame optimal vorbereitet für die eigentliche Aggregation mit summarise():

Das Resultat von summarise() ist wieder ein Data Frame, das neben den ursprünglichen Gruppierungskriterien nur noch die Aggregate enthält.

Daten in Reih’ und Glied

Zwischen Relationalen Datenbanken und R-Data Frames besteht ein wesentlicher konzeptioneller Unterschied: Die Ergebnisse eines SELECT-Befehls haben keine definierte Reihenfolge, so lange die Zeilen nicht mit der Klausel ORDER BY festgelegt wird. Im Gegensatz dazu haben die Zeilen von Data Frames eine konstante Reihenfolge, die sich aus der Anordnung derWerte in den Spaltenvektoren ergibt.

Dennoch ist es manchmal wünschenswert, Data Frames umzusortieren, um eine fachliche Reihenfolge abzubilden. Hierzu dient in dplyr das Verb arrange(), das im Standard-R weitgehend der Indizierung eines Data Frames mit Ergebnissen der order()-Funktion entspricht, aber syntaktisch eleganter ist:

Dieses Beispiel hat zum Ziel, die fünf PS-stärksten Autos zu selektieren. Die arrange()-Funktion sortiert hier zunächst absteigend nach der PS-Stärke, dann aufsteigend nach Herstellername. Die Selektion der 5 ersten Zeilen erfolgt mit der hilfreichen Funktion slice(), die aus einem Data Frame Zeilen anhand ihrer Reihenfolge selektiert.

Fazit und Ausblick

Mit dplyr wird die Arbeit mit Data Frames stark verbessert: Im Vergleich zu “nacktem” R bringt das Paket eine klarere Syntax, abgerundete Funktionalität und bessere Performance. In der Kürze dieses Artikels konnte ich dies nur oberflächlich anreissen. Daher verweise ich auf die vielen Hilfe-Seiten, Vignetten und Internet-Videos zum Paket. Im zweiten Teil dieses Artikels werde ich auf einige fortgeschrittene Features von dplyr eingehen, z.B. die Verknüpfung von Data Frames mit Joins, die Window-Funktionen und die Verwendung von Datenbanken als Backend.

Weiter zu R Data Frames meistern mit dplyr – Teil 2.

Warenkorbanalyse in R

Was ist die Warenkorbanalyse?

Die Warenkorbanalyse ist eine Sammlung von Methoden, die die beim Einkauf gemeinsam gekauften Produkte oder Produktkategorien aus einem Handelssortiment untersucht. Ziel der explorativen Warenkorbanalyse ist es, Strukturen in den Daten zu finden, so genannte Regeln, die beschreiben, welche Produkte oder Produktkategorien gemeinsam oder eben nicht gemeinsam gekauft werden.

Beispiel: Wenn ein Kunde Windeln und Bier kauft, kauft er auch Chips.

Werden solche Regeln gefunden, kann das Ergebnis beispielsweise für Verbundplatzierungen im Verkaufsraum oder in der Werbung verwendet werden.

Datenaufbau

Die Daten, die für diese Analyse untersucht werden, sind Transaktionsdaten des Einzelhandels. Meist sind diese sehr umfangreich und formal folgendermaßen aufgebaut:

data-bsp

Ausschnitt eines Beispieldatensatzes: Jede Transaktion (= Warenkorb = Einkauf) hat mehrere Zeilen, die mit der selben Transaktionsnummer (Spalte Transaction) gekennzeichnet sind. In den einzelnen Zeilen der Transaktion stehen dann alle Produkte, die sich in dem Warenkorb befanden. In dem Beispiel sind zudem noch zwei Ebenen von Produktkategorien als zusätzliche Informationen enthalten.

Es gibt mindestens 2 Spalten: Spalte 1 enthält die Transaktionsnummer (oder die Nummer des Kassenbons, im Beispielbild Spalte Transaction), Spalte 2 enthält den Produktnamen. Zusätzlich kann es weitere Spalten mit Infos wie Produktkategorie, eventuell in verschiedenen Ebenen, Preis usw. geben. Sind Kundeninformationen vorhanden, z.B. über Kundenkarten, so können auch diese Informationen enthalten sein und mit ausgewertet werden.

Beschreibende Datenanalyse

Die Daten werden zunächst deskriptiv, also beschreibend, analysiert. Dazu werden z.B. die Anzahl der Transaktionen und die Anzahl der Produkte im Datensatz berechnet. Zudem wird die Länge der Transaktionen, also die Anzahl der Produkte in den einzelnen Transaktionen untersucht. Dies wird mit deskriptiven Maßzahlen wie Minimum, Maximum, Median und Mittelwert in Zahlen berichtet sowie als Histogramm grafisch dargestellt, siehe folgende Abbildung.

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Histogramm der Längenverteilung der Transaktionen.

Die häufigsten Produkte werden ermittelt und können gesondert betrachtet werden. Als Visualisierung kann hier ein Balkendiagramm mit den relativen Häufigkeiten der häufigsten Produkte verwendet werden, wie im folgenden Beispiel.

relfreq-items
Relative Häufigkeiten der häufigsten Produkte, hier nach relativer Häufigkeit größer 0,1 gefiltert.

Ähnliche Analysen können bei Bedarf auch auf Kategorien-Ebene oder nach weiteren erhobenen Merkmalen selektiert durchgeführt werden, je nachdem, welche Informationen in den Daten stecken und welche Fragestellungen für den Anwender interessant sind.

Verbundanalyse

Im nächsten Schritt wird mit statistischen Methoden nach Strukturen in den Daten gesucht, auch Verbundanalyse genannt. Als Grundlage werden Ähnlichkeitsmatrizen erstellt, die für jedes Produktpaar die Häufigkeit des gemeinsamen Vorkommens in Transaktionen bestimmen. Solch eine Ähnlichkeitsmatrix ist zum Beispiel eine Kreuztabelle in der es für jedes Produkt eine Spalte und eine Zeile gobt. In den Zellen in der Tabelle steht jeweils die Häufigkeit, wie oft dieses Produktpaar gemeinsam in Transaktionen in den Daten vorkommt, siehe auch folgendes Beispiel.

screenshot-crosstable-ausschnitt

Ähnlichkeitsmatrix oder Kreuztabelle der Produkte: Frankfurter und Zitrusfrüchte werden in 64 Transaktionen zusammen gekauft, Frankfurter und Berries in 22 usw.

Auf Basis solch einer Ähnlichkeitsmatrix wird dann z.B. mit Mehrdimensionaler Skalierung oder hierarchischen Clusteranalysen nach Strukturen in den Daten gesucht und Gemeinsamkeiten und Gruppierungen gefunden. Die hierarchische Clusteranalyse liefert dann ein Dendrogram, siehe folgende Abbildung, in der ähnliche Produkte miteinander gruppiert werden.

dendrogram

Dendrogram als Visualisierung des Ergebnisses der hierarchischen Clusterananlyse. Ähnliche Produkte (also Produkte, die zusammen gekauft werden) werden zusammen in Gruppen geclustert. Je länger die vertikale Verbindungslinie ist, die zwei Gruppen oder Produkte zusammen fasst, um so unterschiedlicher sind diese Produkte bzw. Gruppen.

Assoziationsregeln

Schließlich sollen neben den Verbundanalysen am Ende in den Daten Assoziationsregeln gefunden werden. Es werden also Regeln gesucht und an den Daten geprüft, die das Kaufverhalten der Kunden beschreiben. Solch eine Regel ist zum Beispiel „Wenn ein Kunde Windeln und Bier kauft, kauft er auch Chips.“ Formal: {Windeln, Bier} → {Chips}

Für diese Regeln lassen sich statistische Maßzahlen berechnen, die die Güte und Bedeutung der Regeln beschreiben. Die wichtigsten Maßzahlen sind Support, Confidence und Lift:

Support ist das Signifikanzmaß der Regel. Es gibt an, wie oft die gefundene Regel in den Daten anzuwenden ist. Wie oft also die in der Regel enthaltenen Produkte gemeinsam in einer Transaktion vorkommen. In dem Beispiel oben: Wie oft kommen Windeln, Bier und Chips in einer Transaktion gemeinsam vor?

Confidence ist das Qualitätsmaß der Regel. Es beschreibt, wie oft die Regel richtig ist. In dem oben genanten Beispiel: Wie oft ist in einer Transaktion Chips enthalten, wenn auch Windeln und Bier enthalten sind?

Lift ist das Maß der Bedeutung der Regel. Es sagt aus wie oft die Confidence den Erwartungswert übersteigt. Wie ist die Häufigkeit des gemeinsamen Vorkommens von Windeln, Bier und Chips im Verhältlnis zur erwarteten Häufigkeit des Vorkommens, wenn die Ereignisse stochastisch unabhängig sind?

Algorithmen

In den Daten werden zunächst alle möglichen Regeln gesammelt, die einen Mindestwert an Support und Confidence haben. Die Mindestwerte werden dabei vom Nutzer vorgegeben. Da es sich bei Transaktionsdaten um große Datenmengen handelt und häufig große Anzahlen von Produkten enthalten sind, wird die Suche nach Regeln zu einem komplexen Problem. Es wurden verschiedene effiziente Algorithmen als Suchstrategien entwickelt, z.B. der APRIORI-Algorithmus von Agrawal und Srikant (1994), der auch im weiter unten vorgestellten Paket arules von R verwendet wird.

Sind die Assoziationsregeln gefunden, können Sie vom Nutzer genauer untersucht werden und z.B. nach den oben genannten Kennzahlen sortiert betrachtet werden, oder es werden die Regeln für spezielle Warenkategorien genauer betrachtet, siehe folgendes Beispiel.

screenshot-rules

Beispielausgabe von Regeln, hier die drei Regeln mit dem besten Lift. In der ersten Regel sieht man: Wenn Bier und Wein gekauft wird, wird auch Likör gekauft. Diese Regel hat einen Support von 0,002. Diese drei Produkte kommen also in 0,2 % der Transaktionen vor. Die Confidence von 0,396 zeigt, dass in 39,6 % der Transaktionen auch Likör gekauft wird, wenn Bier und Wein gekauft wird.

Umsetzung mit R

Die hier vorgestellten Methoden zur Warenkorbanalyse lassen sich mit dem Paket arules der Software R gut umsetzen. Im Folgenden gebe ich eine Liste von nützlichen Befehlen für diese Analysen mit dieser Software. Dabei wird mit data hier durchgehend der Datensatz der Transaktionsdaten bezeichnet.

Zusammenfassung des Datensatzes:

  • Anzahl der Transaktionen und Anzahl der Warengruppen
  • die häufigsten Produkte werden genannt mit Angabe der Häufigkeiten
  • Längenverteilung der Transaktionen (Anzahl der Produkte pro Transaktion): Häufigkeiten, deskriptive Maße wie Quartile
  • Beispiel für die Datenstruktur (Levels)

Längen der Transaktionen (Anzahl der Produkte pro Transaktion)

Histogramm als grafische Darstellung der Transaktionslängen

rel. Häufigkeiten der einzelnen Produkte, hier nur die mit mindestens 10 % Vorkommen

Äquivalenzmatrix: Häufigkeiten der gemeinsamen Käufe für Produktpaare

Unähnlichkeitsmatrix für die hierarchische Clusteranalyse

Hierarchische Clusteranalyse

Dendrogram der hierarchischen Clusteranalyse

Assoziationsregeln finden mit APRIORI-Algorithmus, hier Regeln mit mindestens 1% Support und 20 % Confidence

Zusammenfassung der oben gefundenen Regeln (Anzahl, Eigenschaften Support, Confidence, Lift)

Einzelne Regeln betrachten, hier die laut Lift besten 5 Regeln

Referenzen:

  • Michael Hahsler, Kurt Hornik, Thomas Reutterer: Warenkorbanalyse mit Hilfe der Statistik-Software R, Innovationen in Marketing, S.144-163, 2006.
  • Michael Hahsler, Bettina Grün, Kurt Hornik, Christian Buchta, Introduciton to arules – A computational environment for mining association rules and frequent item sets. (Link zum PDF)
  • Rakesh Agrawal, Ramakrishnan Srikant, Fast algorithms for mining association rules, Proceedings of the 20th VLDB Conference Santiago, Chile, 1994
  • Software R:  R Core Team (2016). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. Link: R-Project.org.
  • Paket: arules: Mining Association Rules using R.

Beispieldatensatz: Groceries aus dem Paket arules

Python vs R Statistics

Immer wieder wird mir von Einsteigern die Frage gestellt, ob sich der Einstieg und die Einarbeitung in die Programmiersprache Python eher lohnen würde als in R Statistics. Nun gibt es in den englischsprachigen Portalen bereits viele Diskussionen und Glaubenskriege zu diesem Vergleich – diese habe ich mir mit Absicht nicht weiter durchgelesen, sondern ich versuche hier meine Erfahrung aufs Blog zu bringen und bin auf Eure Meinungen/Erfahrungen gespannt!

Mit weniger R-Code schneller zum Ziel, und mit Python darüber hinaus

Was mir beim Einstieg in R gleich auffiel: Nach der Installation kann man sofort loslegen! Ein Plot oder eine Regressionsanalyse ist binnen weniger Code-Zeilen erledigt, denn die Sprache bringt diese Funktionen von Haus aus mit. In Python ist das Ziel auch nicht weit weg, allerdings müssen für die Plots erst die MatplotLib installiert werden, für Matrizenberechnung die Numpy-Bibliothek und um eine, mit der R-Datenstruktur Data.Frame vergleichbare Datenstruktur in Python zu erhalten, die Pandas-Bibliothek. Diese Python-Bibliotheken kann man zwar mit Fug und Recht als Bestandteil des Python-Universums ansehen, standardmäßig ausgeliefert werden sie aber nicht und auch sollten sie streng vom Standardpython in der Anwendung getrennt werden, im Klartext: Die Bibliotheken erfordern extra Einarbeitung und machen die Handhabung komplizierter, das einfache Python verliert ein Stück weit seine Einfachheit.

Auch die beliebte Entwicklungsumgebung R-Studio sucht seinesgleichen und ist IPython meiner Meinung nach hinsichtlich der Usability absolut überlegen. R ist einfach darauf ausgerichtet, Daten zu analysieren und zu visualisieren, aber beschränkt sich eben auch darauf.

“R is more about sketching, and not building,” says Michael Driscoll, CEO of Metamarkets. “You won’t find R at the core of Google’s page rank or Facebook’s friend suggestion algorithms. Engineers will prototype in R, then hand off the model to be written in Java or Python.”

Im Gegenzug ist Python eine Programmiersprache, die nicht nur an den einen Zweck gebunden ist. Mit Python können ebenfalls (Web-)Server- oder Desktop-Anwendungen und somit ohne Technologiebruch analytische Anwendungen komplett in Python entwickelt werden. Und auch wenn R ebenfalls unüberschaubar viele Packages mitbringt, bietet Python noch einiges mehr, beispielsweise zur dreidimensionalen Darstellung von Graphen.

Software-Entwickler lieben Python, Mathematiker eher R

Data Science ist ein äußerst interdisziplinäres Fachgebiet und Data Scientists können Mathematiker, Physiker, Informatiker, Ingenieure oder (wenn auch etwas seltener) Wirtschafts- oder auch Geisteswissenschaftler sein. Ein Großteil kommt aus der Mathematik oder äußerst mathematischer Fachgebiete wie der Physiker oder der Elektroingenieurwissenschaft. In diesen Studiengängen wird überwiegend mit Programmiersprachen gearbeitet, die von Mathematikern für Mathematiker entwickelt wurden, also R Statistics, MATLAB oder Octave. Beispielsweise ist meine Frau studierte Elektotechnikingenieurin und setzte alle ihre Prototypen des maschinellen Lernens in MATLAB um, sie findet sich aber auch in R gut zurecht.

Wer aus der Software-Entwicklung kommt, findet sich in Python vermutlich sehr viel schneller zurecht als in R. In meiner subjektiven Wahrnehmung stelle ich tatsächlich fest, dass diejenigen Data Scientists, die aus der Mathematik zum Data Science gekommen sind, meistens R präferieren und diejenigen, die aus der Anwendungsentwicklung kommen, eher mit Python arbeiten.

datascience

Python kollaboriert besser

Ein Data Scientist kommt selten allein, denn Data Science ist Teamarbeit. Und wo Teams ein gemeinsames Ziel erreicht sollen, werden besondere Anforderungen an die Arbeitsumgebung gestellt. Python gilt als eine syntaktisch leicht verständliche Programmiersprache, die manchmal sogar als “executable Pseudocode” bezeichnet wird (was allerdings dann doch leicht übertrieben ist…). Es ist also für alle Teammitglieder eine relativ einfach zu erlernende Sprache. Dabei muss Python nicht von allen Teammitgliedern favorisiert werden, denn eigene lokale Prototypen können in R, Octave oder was auch immer erstellt werden, lassen sich dann aber auch einfach in Python integrieren. Für richtig schnelle Anwendungen sind Python und R als Interpretersprachen sowieso zu langsam, solche Anwendungen werden am Ende in C/C++ umgesetzt werden müssen, aber selbst dann bietet Python nicht zu unterschätzende Vorteile: Der Erfolg von Python im wissenschaftlichen Rechnen beruht nämlich auch auf der unkomplizierten Integration von Quellcode der Programmiersprachen C, C++ und Fortran.

Neue Spieler auf dem Feld: Scala und Julia

Leider kann ich zu den beiden Programmiersprachen Scala und Julia (noch) nicht viel sagen. Scala scheint sich meiner Einschätzung nach als eine neue Alternative für Python zu entwickeln. Scala ist ein Produkt aus dem Java-Universum und war als eine Programmiersprache für unterschiedlichste Zwecke gedacht. Die Sprache setzt sich im Big Data Science immer weiter durch, einige Tools für Big Data Analytics (Apache Spark, Apache Flink) sind auf Scala ausgelegt und basieren selbst auf dieser Programmiersprache. Was Scala als eine stark von Java inspirierte Sprache sehr sympathisch macht, ist der enorm kompakte Code. Ein MapReduce-Algorithmus lässt sich in Scala mit einem Bruchteil an Code erstellen, als es in Java der Fall wäre, wie es auch die Code-Beispiele der Spark-Webseite eindrücklich zeigen: (Was ist eigentlich Apache Spark?)

Text Search in Python (Apache Spark)
Text Search in Scala (Apache Spark)
Text Search in Java (Apache Spark)

Julia wurde (ähnlich wie R) explizit für den Zweck der statistischen Datenanalyse entwickelt, wird auf Grund des aktuellen Beta-Status noch kaum produktiv eingesetzt. Da Julia auf sehr schnelle Anwendungen ausgerichtet ist, liegt in Julia die neue Hoffnung für jene, für die R und Python zu langsame Interpretersprachen sind.

Buchempfehlungen zum Einstieg in R oder Python

Es versteht sich von selbst, dass ich alle Bücher auch selbst besitze und mehr als nur das Vorwort gelesen habe…

Was ist Eure Erfahrung? Ihr seid gefragt!

Schreibt Eure Meinung einfach als Kommentar zu diesem Artikel! Wer meint, den Vergleich logischer, “richtiger” und nachvollziehbarer aufs digitale Papier bringen zu können, darf einen Artikelvorschlag übrigens gerne an redaktion@data-science-blog.com senden!

Data Science mit Neo4j und R

Traurig, aber wahr: Data Scientists verbringen 50-80% ihrer Zeit damit, Daten zu bereinigen, zu ordnen und zu bearbeiten. So bleibt nur noch wenig Zeit, um tatsächlich vorausschauende Vorhersagemodelle zu entwickeln. Vor allem bei klassischen Stacks, besteht die Datenanalyse zum Großteil darin, Zeile für Zeile in SQL zu überführen. Zeit zum Schreiben von Modell-Codes in einer statistischen Sprache wie R bleibt da kaum noch. Die langen, kryptischen SQL-Abfragen verlangsamen aber nicht nur die Entwicklungszeit. Sie stehen auch einer sinnvollen Zusammenarbeit bei Analyse-Projekten im Weg, da alle Beteiligten zunächst damit beschäftigt sind, die SQL-Abfragen der jeweils anderen zu verstehen.

Komplexität der Daten steigt

Der Grund für diese Schwierigkeiten: Die Datenstrukturen werden immer komplexer, die Vernetzung der Daten untereinander nimmt immer stärker zu. Zwängt man diese hochgradig verbundenen Datensätze in eine SQL-Datenbank, in der Beziehungen naturgemäß abstrakt über Fremdschlüssel dargestellt werden, erhält man als Ergebnis übermäßig komplizierte Schematas und Abfragen. Als Alternative gibt es jedoch einige NoSQL-Lösungen – allen voran Graphdatenbanken – die solche hochkomplexen und heterogenen Daten ohne Informationsverlust speichern können – und zwar nicht nur die Entitäten an sich, sondern auch besonders die Beziehungen der Daten untereinander.

Datenanalysen zielen immer stärker darauf ab, das Verhalten und die Wünsche von Kunden besser verstehen zu können. Die Fragen lauten z. B.:

  • Wie hoch ist die Wahrscheinlichkeit, dass ein Besucher auf eine bestimmte Anzeige klickt?
  • Welcher Kunde sollte in welchem Kontext welche Produktempfehlungen erhalten?
  • Wie kann man aus der bisherigen Interaktionshistorie des Kunden sein Ziel vorhersagen, bevor er selbst dort ankommt?
  • In welchen Beziehungen steht Nutzer A zu Nutzer B?

Menschen sind bekanntermaßen von Natur aus sozial. Einige dieser Fragen lassen sich daher beantworten, wenn man weiß, wie Personen miteinander in Verbindung stehen: Unsere Zielperson, Nutzer A ähnelt in seinem Kontext und Verhalten Benutzer B. Und da Benutzer B ein bestimmtes Produkt (z. B. ein Spielfilm) gefällt, empfehlen wir diesen Film auch Nutzer A. In diese Auswertung fließen natürlich auch noch weitere Faktoren mit ein, z. B. die Demographie und der soziale Status des Nutzers, seine Zuordnung zu Peer Groups, vorher gesehene Promotions oder seine bisherigen Interaktionen.

Visualisierung eines Graphen mit RNeo4j

Mit R und Neo4j lassen sich Graphen und Teilgraphen ganz einfach mit RNeo4j, igraph und visNetwork libraries visualisieren.

 

Das folgende Beispiel zeigt wie in einem Graphen Schauspieler und Filme sowie ihre Beziehungen zueinander anschaulich dargestellt werden können, z. B. um Empfehlungen innerhalb eines Filmportals zu generieren. Dabei sind zwei Schauspieler über eine Kante miteinander verbunden, wenn sie beide im gleichen Film mitspielen.

Im ersten Schritt werden dazu in Neo4j die Film-Datensätze importiert (Achtung: Dieser Vorgang löscht die aktuelle Datenbank).

Als nächstes wird mit Cypher eine entsprechende Liste von Beziehungen aus Neo4j gezogen. Wie man sehen kann, ist die Darstellung des gewünschten Graph-Musters innerhalb der Abfrage sehr anschaulich.

Die visNetwork Funktion erwartet sowohl Kanten-Dataframes als auch Knoten-Dataframes. Ein Knoten-Dataframe lässt sich daher über die eindeutigen Werte des Kanten-Dataframes generieren.

Im Anschluss können die Knoten- und Kanten-Dataframes in das visNetwork übertragen werden.
visNetwork(nodes, edges)

Nun kommt igraph mit ins Spiel, eine Bibliothek von Graph-Algorithmen. Durch Einbindung der Kantenliste lässt sich einfach ein igraph Graph-Objekt erstellen, das den Teilgraphen miteinschließt.

Die Größe der Knoten kann als Funktion der Edge-Betweeness-Centrality definiert werden. In visNetwork entspricht dabei jede “value”-Spalte im Knoten-Dataframe der Größe des Knoten.
nodes$value = betweenness(ig)

Mit Einführung der “Value”-Spalte werden die Knoten nun alle unterschiedlich groß dargestellt.
visNetwork(nodes, edges)

Mit Hilfe eines Community-Detection-Algorithmus lassen sich im Graphen nun Cluster finden. In diesem Beispiel wird der „Girvan-Newman”-Algorithmus verwendet, der in igraph als cluster_edge_betweenness bezeichnet wird.

In der Liste oben sind alle Schauspieler der ersten zwei Cluster zu sehen. Insgesamt konnten sechs Cluster identifiziert werden.

Durch Hinzufügen einer “Group”-Spalte im Knoten-Dataframe, werden alle Knoten in visNetwork entsprechend ihrer Gruppenzugehörigkeit farblich markiert. Diese Cluster-Zuordnung erfolgt über clusters$membership. Durch Entfernen der “Value”-Spalte lassen sich die Knoten wieder auf eine einheitliche Größe bringen.

Werden die Knoten- und Kanten-Datenframes erneut in visNetwork übertragen, sind nun alle Knoten eines Clusters in derselben Farbe dargestellt.
visNetwork(nodes, edges)

Mit diesem Workflow lassen sich Teilgraphen in Neo4j einfach abfragen und Cluster-Algorithmen einfach darstellen.

Generell eignen sich Graphdatenbanken wie Neo4j besonders gut, um stark vernetzte und beliebig strukturierte Informationen zu handhaben – egal ob es sich um Schauspieler, Filme, Kunden, Produkte, Kreditkarten oder Bankkonten handelt. Zudem können sowohl den Knoten als auch den Kanten beliebige qualitative und quantitative Eigenschaften zugeordnet werden. Beziehungen zwischen Daten sind also nicht mehr bloße Strukturinformationen, sondern stehen vielmehr im Zentrum des Modells.

Cypher: intuitiv nutzbare Programmiersprache

Die Zeiten, in denen Data Science zum Großteil aus Datenbereinigung und -mapping besteht, sind damit vorbei. Mit dem entsprechenden Ansatz laufen Entwicklungsprozesse deutlich schneller und einfacher ab. Data Scientists kommen mit weniger Code schneller ans Ziel und können mehr Zeit in das tatsächliche Entwickeln von relevanten Modellen investieren. Dabei nutzen sie die Flexibilität einer quelloffenen NoSQL-Graphdatenbank wie Neo4j kombiniert mit der Reife und weiten Verbreitung der Statistiksprache R für statistisches Rechnen und Visualisierung. Programmierer müssen nicht mehr stundenlang komplexe SQL-Anweisungen schreiben oder den ganzen Tag damit verbringen, eine Baumstruktur in SQL zu überführen. Sie benutzen einfach Cypher, eine musterbasierte, für Datenbeziehungen und Lesbarkeit optimierte Abfragesprache und legen los.

Wie lernen Maschinen?

Im dritten Teil meiner Reihe Wie lernen Maschinen? wollen wir die bisher kennengelernten Methoden anhand eines der bekanntesten Verfahren des Maschinellen Lernens – der Linearen Regression – einmal gegenüberstellen. Die Lineare Regression dient uns hier als Prototyp eines Verfahrens aus dem Gebiet der Regression, in weiteren Artikeln werden die Logistische Regression als Prototyp eines Verfahrens aus dem Gebiet der Klassifikation und eine Collaborative-Filtering- bzw. Matrix-Faktorisierungs-Methode als Prototyp eines Recommender-Systems behandelt.

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Text Mining mit R

R ist nicht nur ein mächtiges Werkzeug zur Analyse strukturierter Daten, sondern eignet sich durchaus auch für erste Analysen von Daten, die lediglich in textueller und somit unstrukturierter Form vorliegen. Im Folgenden zeige ich, welche typischen Vorverarbeitungs- und Analyseschritte auf Textdaten leicht durchzuführen sind. Um uns das Leben etwas leichter zu machen, verwenden wir dafür die eine oder andere zusätzliche R-Library.

Die gezeigten Schritte zeigen natürlich nur einen kleinen Ausschnitt dessen, was man mit Textdaten machen kann. Der Link zum kompletten R-Code (.RMD) findet sich am Ende des Artikels.

Sentimentanalyse

Wir verwenden das Anwendungsgebiet der Sentimentanalyse für diese Demonstration. Mittels der Sentimentanalyse versucht man, Stimmungen zu analysieren. Im Prinzip geht es darum, zu erkennen, ob ein Autor mit einer Aussage eine positive oder negative Stimmung oder Meinung ausdrückt. Je nach Anwendung werden auch neutrale Aussagen betrachtet.

Daten einlesen

Datenquelle: ‘From Group to Individual Labels using Deep Features’, Kotzias et. al,. KDD 2015

Die Daten liegen als cvs vor: Die erste Spalte enhält jeweils einen englischen Satz, gefolgt von einem Tab, gefolgt von einer 0 für negatives Sentiment und einer 1 für positives Sentiment. Nicht alle Sätze in den vorgegebenen Daten sind vorklassifiziert.

Wir lesen 3 Dateien ein, fügen eine Spalte mit der Angabe der Quelle hinzu und teilen die Daten dann in zwei Datensätze auf. Der Datensatz labelled enthält alle vorklassifizierten Sätze während alle anderen Sätze in unlabelled gespeichert werden.

Wir haben nun 3000 vorklassifizierte Sätze, die entweder ein positives oder ein negatives Sentiment ausdrücken:

Textkorpus anlegen

Zuerst konvertieren wir den Datensatz in einen Korpus der R-Package tm:

Wir können uns nun einen Eindruck über die Texte verschaffen, bevor wir erste Vorverarbeitungs- und Säuberungsschritte durchführen:

  • Fünf Dokumente mit negativem Sentiment, die das Wort “good” enthalten: Not a good bargain., Not a good item.. It worked for a while then started having problems in my auto reverse tape player., Not good when wearing a hat or sunglasses., If you are looking for a good quality Motorola Headset keep looking, this isn’t it., However, BT headsets are currently not good for real time games like first-person shooters since the audio delay messes me up.
  • Liste der meist verwendeten Worte im Text: all, and, are, but, film, for, from, good, great, had, have, it’s, just, like, movie, not, one, phone, that, the, this, very, was, were, with, you
  • Anzahl der Worte, die nur einmal verwendet werden: 4820, wie z.B.: ‘film’, ‘ive, ’must’, ‘so, ’stagey’, ’titta
  • Histogramm mit Wortfrequenzen:

Plotten wir, wie oft die häufigsten Worte verwendet werden:

Vorverarbeitung

Es ist leicht zu erkennen, dass sogenannte Stoppworte wie z.B. “the”, “that” und “you” die Statistiken dominieren. Der Informationsgehalt solcher Stopp- oder Füllworte ist oft gering und daher werden sie oft vom Korpus entfernt. Allerdings sollte man dabei Vorsicht walten lassen: not ist zwar ein Stoppwort, könnte aber z.B. bei der Sentimentanalyse durchaus von Bedeutung sein.

Ein paar rudimentäre Vorverarbeitungen:

Wir konvertieren den gesamten Text zu Kleinbuchstaben und entfernen die Stoppworte unter Verwendung der mitgelieferten R-Stoppwortliste für Englisch (stopwords(“english”)). Eine weitere Standardoperation ist Stemming, das wir heute auslassen. Zusätzlich entfernen wir alle Sonderzeichen und Zahlen und behalten nur die Buchstaben a bis z:

 

Schlagwortwolke bzw Tag Cloud

Schließlich erzeugen wir eine Tag-Cloud aller Worte, die mindestens 25 mal im Text verwendet werden. Tag-Clouds eignen sich hervorragend zur visuellen Inspektion von Texten, allerdings lassen sich daraus nur bedingt direkte Handlungsanweisungen ableiten:

schlagwortwolke

Word-Assoziationen

Wir können uns für bestimmte Worte anzeigen lassen, wie oft sie gemeinsam mit anderen Worten im gleichen Text verwendet werden:

  • Worte, die häufig gemeinsam mit movie verwendet werden:

  • Worte, die häufig gemeinsam mit product verwendet werden:


 

Text-Mining

Wir erzeugen einen Entscheidungsbaum zur Vorhersage des Sentiments. Entscheidungsbäume sind nicht unbedingt das Werkzeug der Wahl für Text-Mining aber für einen ersten Eindruck lassen sie sich bei kleinen Datensätzen durchaus gewinnbringend einsetzen:

 

Eine Fehlerrate von über 50% auf den Trainingsdaten für positive Sentiments ist natürlich nicht berauschend und daher testen wir zum Schluß noch Support Vector Machines:

Die Ergebnisse sehen deutlich besser aus, müssten aber natürlich noch auf unabhängigen Daten verifiziert werden, um z. B. ein Overfittung zu vermeiden.

Download-Link zum kompletten R-Code für dieses Text-Mining-Beispiel: https://www.data-science-blog.com/download/textMiningTeaser.rmd